普洱茶渥堆发酵中，在温度达到40—50℃区间会产生一定数量的细菌。这些细菌不仅影响普洱茶的发酵进程，还会对普洱茶的滋味与香气产生重大作用。很多人对细菌有天生的敌意，认为它会导致普洱茶腐败变质，甚至会出现食物中毒事件。很多关于普洱茶负面文章涉及到这些问题，并以此“大声疾呼”，认为普洱茶不是健康饮品。其关键点在于对细菌也是微生物，是微生物中的一个大类。
我们可以这样简单地描述：广义的细菌为原核生物，分为真细菌（eubacteria）和古生菌（archaea）两大类群，狭义的细菌为原核微生物，是一类形状细菌、结构简单、多以二分裂方式进行繁殖的原核生物。它是自然界分布最广、个体数量最多的有机体，又是大自然物质循环的主要参与者。
细菌可以说是无处不在，在土壤、在湖泊、在海洋、在空气中都大量存在，甚至它与我们人体、与动物包括植物体都是互相依存，形成共生关系。需要提示的一点是，细菌与我们前面提到的霉菌不同，霉菌不能与我们人体形成共生关系，更不能通过饮茶的方式进入我们人体，我们人体不可能检测出类似黑曲霉这样的物质，它只是在发酵过程中产生的，不能长时间保留。即使有一点残留，也在洗茶过程中高温杀死而倒掉。而细菌则不同，它是我们人类最忠实的朋友，也是我们人体健康的保护神。我们人体的内部及表皮存在大量的细菌，其细菌总数是人体细胞总数的十倍以上。
细菌的营养方式主要有自养和异样两种方式。自养方式的细菌如硫细菌、铁细菌等以二氧化碳作为主要或唯一的碳源，以无机氮化物作为氮源，通过细菌的光合作用或化能合成作用完成新陈代谢过程。异养方式是通过腐生细菌作为生态系统中的重要分解者，使碳循环能顺利进行。普洱茶渥堆发酵过程中，细菌的参与和繁殖主要以异养为主。
截止到目前，参与普洱茶发酵的细菌到底有多少，仍是未知数。很多研究报告认为普洱茶发酵过程中细菌很少，这是一个谬误。实际的结果不是很少，而是太多，只是它太微小，难以检测；还有一个原因是由于它数目过于庞大，很难短时间搞清楚。不仅普洱茶，几乎所有的发酵食品都面临这样一个未知难题。
