而传统意义上的普洱茶发酵，即熟茶的渥堆过程，参与的主要微生物有黑曲霉、青霉属、酵母属、根霉属、灰绿曲霉、细菌类。细菌数目极少，没有发现致病细菌。这些微生物生命活动和代谢产物是普洱茶品质形成的重要因素。在渥堆过程中，由于湿热作用为微生物的活动和代谢创造了良好的条件，同时也给茶叶内含的有机物变化提供了热源，加强了酶系活动。又因霉菌能利用各种多糖作为碳源，进行糖代谢，产生大量的单糖和寡糖，为酵母提供足够的营养使其迅速繁衍，而酵母和霉菌的大量繁衍，抑制了细菌的生长。同时，这些微生物所分泌的胞外酶对茶叶内含成分进行了各种各样的转化。普洱茶所具有的甘滑、醇厚、活顺、陈香等品质特点与黑曲霉和酵母在普洱茶渥堆过程中的主从优势有着密切的关系。
云南各地普洱茶所表现的不同“风味”，除了各地品种、鲜叶原料存在微小的差别外，更多地是因为不同地域微生物菌群差异造成。这些微生物中，黑曲霉、酵母菌、根霉属在不同的环境条件下或加工过程中的优势地位交替变化，由于优势菌群在不同阶段的作用，最终形成了普洱茶厂家多种多样风味的云南普洱茶。云南自古就有“一山一味”的说法，这种“风味”的差异性不仅使普洱茶“百花齐放”，同时增添了普洱茶人追逐不同茶品的乐趣。
正是因为这种自然接种方式，使普洱茶更能体现它原本的价值。只要这个加工场地是在云南特有的普洱茶产区，再加上遵循传统的工艺方法生产，其品质必然透出普洱茶的特质。
