1、产地不同
【黄山毛峰】
黄山毛峰茶产于黄山风景区和毗邻的汤口、充川、岗村、芳村、扬村、长潭一带，其中桃花峰、云谷寺、慈光阁、钓桥庵、岗村、充川等。
【祁门红茶】
祁门红茶，全县地区并非一致，分为三域，由溶口直上到侯潭转往祁西历口，在此区域内，以贵溪、黄家岭、石迹源等处为最优；由闪里、箬坑特到渚口，在此区域内，以箬坑、闪里、高塘等处为佳；由塔坊直至祁红转出倒湖，这区域以塘坑头、泉城红、泉城绿、棕里、芦溪、倒湖等处为代表。贵溪至历口这一区域红茶，因其质量最优。
茶叶的自然品质以安徽省黄山市祁门县历口古溪、闪里、平里一带最优。当地的茶树品种高产质优，植于肥沃的红黄土壤中，而且气候温和、雨水充足、日照适度。
2、制作工序不同
【黄山毛峰】
黄山毛峰的制造分系摘系摘、杀青、揉捻、干燥烘焙四道工序。
【祁门红茶】
祁红采制工艺精细，大致分为采摘、初制和精制三个主要过程。
采摘：祁红的采摘标准十分严格，高档茶以一芽一叶、一芽二叶原料为主，分批多次留叶采，春茶采摘6-7批，夏茶采6批，秋茶少采或不采。
初制：包括萎凋、揉捻、发酵、烘干等工序。
精制工序繁复，祁红茶成品经毛筛、抖筛、分筛、紧门、撩筛、切断、风选、拣剔、补火、清风、拼和、装箱而制成。
3、功效不同
【黄山毛峰】
兴奋作用；利尿作用；强心解痉作用；抑制动脉硬化作用；抗菌抑菌作用；减肥作用；防龋齿作用；抑制癌细胞作用；延缓衰老；防辐射；美容护肤。
【祁门红茶】
主要功效有：提神消疲、生津清热、利尿、消炎杀菌、解毒、养胃。此外，红茶还具有防龋、延缓老化、降血糖、降血压、降血脂、抗癌、抗辐射、减肥等功效。
4、等级不同
【黄山毛峰】
黄山毛峰分六个等级：黄山毛峰分特级一等、特级二等、特级三等和一、二、三级。
【祁门红茶】
根据其外形和内质分为：礼茶、特茗、特级、一级、二级、三级、四级、五级、六级、七级。
5、主要荣誉不同
【黄山毛峰】
1955年，中国茶叶公司对全国优质茶进行鉴定，评为全国十大名茶之一。
1986年被外交部定为招待外宾用茶和礼品茶，定点在富溪乡生产；同年，在全国花茶、乌龙茶优质产品和名茶评比会上，黄山毛峰再次荣获全国名茶桂冠。
1987年2月被商业部授予部级优质名茶称号。
1999年春天，国务院朱镕基总理访美，黄山毛峰被国家主席江泽民选做赠礼委托他带去馈送他在美国费城恩师。
【祁门红茶】
1915年，获巴拿马万国博览会金质奖章。1979年，邓小平给祁门的评价“你们祁红世界有名”。1980年，祁红获国家优质产品奖章。1982年，邓小平接待英国首相撒切尔夫人访华。
1983年，获国家出口商品优质荣誉证书。1987年，获第26届世界优质食品博览会金奖。1992年，获香港国际食品博览会金奖。1990年，江泽民总书记访问前苏联，都将祁门红茶作为国礼相赠。2010年，上海世博会十大名茶之一。
综上，黄山毛峰和祁门红茶在产地、制作工序、功效、等级特征和主要荣誉都是不相同的，在这些区别中产地、制作工序和功效等的区别是我们要特别注意的。
