扫码鉴定茶树品种,让每个品种都有一张身份证

茶树为多年生异花授粉植物,具有高度异质性和杂合性。中国西南地区是茶树的起源地,茶树从起源地向中国其他地区和国外的自然传播和人为传播过程中,积累了自然演化和人工选择的变异,从而在各茶区形成了丰富的茶树品种资源。

然而在茶树品种资源的大量引种及频繁的品种资源交换过程中,造成同名异物、同物异名的现象,不仅给茶树品种资源保护利用带来诸多困难,也损害了消费者的权益。因而科学准确地区分和鉴定茶树品种资源具有重要意义。

本研究通过收集国内外103份茶树种质,利用SNP标记并结合茶树品种资源基本信息构建茶树品种资源分子身份证,以期为茶树品种资源保护鉴定提供一种新思路。

1供试材料

供试茶树品种资源来源于武夷学院茶树种质资源圃(福建省武夷山市)和福建省农业科学院茶叶研究所茶树种质资源圃(福建省福安市),其中,中国茶树品种资源有101份,来自华南、西南、江南、江北四大茶产区的10个茶叶主产区省份;国外茶树品种2份,包括日本的玉绿和格鲁吉亚的格鲁吉亚1号。

2结果

1、标记获得与分析

从茶树的表达序列标签数据库中挖掘出1786个候选SNP位点。根据序列保守性,筛选出96个SNP标记位点,与最新茶树基因组比对发现候选位点较均匀地分布于茶树全基因组的15条染色体上;对茶树品种资源的候选SNP位点的多态性信息进行分析,剔除10个不具多态性的位点,剩余86个位点的信息指数平均值为0.517,观测杂合度平均值为0.370,期望杂合度平均值为0.346,固定指数平均值为-0.036,次等位基因频率平均值为0.269。从86个SNP位点中筛选出24个多态性高的SNP位点,组成DNA指纹图谱,可区分出全部参试茶树品种资源。

对24个SNP位点组成的DNA指纹图谱并结合茶树品种资源基本信息进行数字编码,最终形成由28位数字组成的茶树品种资源分子身份证。

2、茶树品种资源信息编码

茶树的基本信息由4位数字组成,其中,茶树品种资源类型分类参考陈亮等方法。第1位数字代表茶组植物具体物种,茶树(Camelliasinensis(L.)O.Kuntze)为1,大厂茶(C.tachangensisF.C.Zhang)为2,厚轴茶(C.crassicolumnaChang)为3,大理茶(C.taliensis(W.W.Smith)Melchior)为4,秃房茶(C.gymnogynaChang)为5;第2-3位数字代表行政区划代码,如福建为35,浙江为33,云南为53,国外为00;第4位数字代表茶树品种资源类型,野生茶树为1,地方品种和地方种质为2,优良品种(含育成品种)为3,新选品系、株系为4,国外品种为5。后24位数字由24个SNP分子标记的基因型转化而来。

以福鼎大白茶举例:

属茶组植物中的茶树(C.sinensis),原产于福建,品种资源类型为优良品种,转换成数字码为1353;其24个SNP分子标记的基因型分别为TC、TT、AT、CT、GG、GG、CC、TC、TG、TC、TT、AG、GG、TT、CC、AG、CT、TT、CC、AT、GG、GG、CC、TC,转换成24位数字码为131132311121332112313231。则福鼎大白茶的分子身份证为1353131132311121332112313231。

3结论与意义

依据SNP标记的多态性信息,筛选SNP位点,精准区分全部供试茶树品种,并将24个SNP位点所构建的茶树品种资源DNA指纹图谱及品种资源的基本属性信息编码成特定的数字串,使每份茶树品种资源具有唯一的分子身份证,并生成相应的条形码和二维码,可快速被扫码设备识别。

本研究结果对于茶树品种资源区分和精准鉴定、分子数据数字化建立具有重要的意义和实际应用价值,为茶树品种资源DNA分子身份证的构建提供了思路。

主要参考(来源)文献:

樊晓静,于文涛,蔡春平,林浥,王泽涵,房婉萍,张见明,叶乃兴.利用SNP标记构建茶树品种资源分子身份证[J].中国农业科学,2021,54(8):1751-1772.

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