普洱茶渥堆过程中微生物类群复杂种别繁多，主要微生物有黑曲霉、青霉属、根霉属、灰绿曲霉、酵母属、细菌类。细菌数目极少，没有发现有致病细菌。台湾大学孙璐西教授做过实验证明在普洱茶中不含黄曲霉菌。
这些微生物直接影响普洱茶品质风味和保健功效的形成：
黑曲霉的数量，在普洱茶发酵渥堆过程中始终处于优势地位，它能产生20多种水解酶，水解产物大多为单糖、氨（1）基酸、果糖等。使茶叶内含成分易于渗出、扩散，为增加茶汤滋味和形成普洱茶干滑、醇厚品质特色奠定了基础。
（2）青霉属能产生酶和有机酸，其中产生的黄青霉对杂菌和腐败菌有消除和抑制作用。所以，黄青霉对普洱茶醇和品质形成有辅助作用。
（3）根霉的淀粉酶活性高，能产生有机酸和芳香的酯类物质，有利于普洱茶粘滑和醇厚品质形成。
（4）灰绿曲霉会使食品腐烂变质，该菌种只要控制好堆温，改善制茶环境卫生就能保证普洱茶纯正的口感。
酵母属是普洱茶品质形成的重要菌种。普洱茶甘甜、醇厚、陈香的品质特点直接与酵母菌息息相关。
