花茶和普通的茶一样极易受潮变质，在保存时要注意密封保存，忌放冰箱，别怕小虫子，避免混合存放，还要注意花茶的保存期限等。
1、 密封保存
买回后若想保存较久，应该换罐贮藏。陶瓷制的茶罐，最能保持干燥花草品质稳定 ; 而装在透明的玻璃罐内，虽然便于观察是否受潮发霉，但因为阳光能穿透照射，所以最好再将透明罐放入储藏柜中。但无论是何种材质的容器，都必须是密封罐，才能防潮又防虫；而且罐子需先加以清洁、通风，使罐内干燥无异味，再将干燥花草放入。
2、 忌放冰箱
将花草茶原料放在冰箱内，或与气味强烈的物品并列，都是大忌，因为容易吸收异味，混淆原有的芳香；而放在阳光直照之处，短期内就会褪色变质。阴暗、干燥、通风的地方才最理想。
3、 别怕小虫子
多数花草茶较少使用农药，气温变高时会孵出小虫子，这些虫子是附着在花草茶中的卵，时间到了就会孵化。这些虫子并无碍饮用，相反的，飞出虫子的花草茶，更证明没有喷洒农药或化肥，可以让人更加安心。
4 、避免混合存放
不同种类的干燥花草应避免混合存放，因为它们会相互吸收香味，尤其如熏衣草、迷迭香等气味较浓的花草，更容易盖过共置花草的清香。此外，同种类但购买时期不同的也应分别收藏，以免新鲜的芳香加速流失。
5 、保存期限
依照上述正确方式，通常可保存一二年，不过放得愈久，干燥原料的色泽与香味便日趋衰退。原则上，在买回后 3 个月内享用，最能品尝其新鲜的清香风味。
